Основные задачи ПущГУ: подготовка научных и научно-педагогических кадров, в первую очередь -кадров высшей квалификации, для работы в современных областях развития естественных наук; переподготовка и повышение квалификации специалистов. Также в задачи ПущГУ входит организация и проведение фундаментальных и прикладных научных исследований и иных научно-технических и опытно-конструкторских работ.
Всего ПущГУ подготовило свыше 300 магистрантов, из них более 60% продолжают образование в аспирантуре ПущГУ, институтов РАН, МГУ и др. вузов. К настоящему времени аспирантуру университета успешно закончили более 100 аспирантов по 15 специальностям.
Пущинский государственный университет (ПущГУ) - первый отечественный университет, созданный на базе академических институтов естественнонаучного профиля Российской Академии наук. Создание университета такого типа является уникальным экспериментом и олицетворяет идею сближения экспериментальной и теоретической науки с процессом обучения и подготовки высококвалифицированных и эрудированных специалистов. Основным мотивом создания ПущГУ была подготовка квалифицированных кадров (магистров и кандидатов наук) для институтов Пущинского научного центра Российской академии наук и др. научно-исследовательских и проектных институтов, а также для муниципальных и государственных учреждений России.
Университет организован Постановлением Правительства Российской Федерации от 29 октября 1992 года № 834 по предложению Российской академии наук и Комитета по высшей школе Министерства науки, высшей школы и технической политики России.
С 1993 года по 2005 год ректором университета являлся чл. - кор. РАН Боронин А.М.. В настоящее время Александр Михайлович Боронин - президент ПущГУ. С 2006 года ректор университета - д.б.н., профессор Вайнштейн М.Б..